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我向美國腸道計畫（American Gut Project）申請了他糞便微生物群的詳細分析。這個群眾募資的研究計畫取得了數千名一般人士的糞便樣本，目的是了解飲食與生活模式如何影響我們的腸道菌叢。近年來一連串的研究顯示，跟沒有罹患泛自閉症障礙的人士相比，泛自閉症障礙患者的腸道菌組合改變了，包括較高比例的厚壁菌門與較少的擬桿菌門（Bacteroidetes）菌群。腸躁症患者也呈現出類似的模式。強納森的糞便分析顯示，他也有相同的模式──他的腸道菌叢中，變形菌門與放線菌門（Actinobacteria）菌群較一般美國人少。然而，由於強納森的飲食習慣特異、有焦慮和壓力問題，還有腸躁症症狀，因此我們無法判定他腸道菌叢組合的改變到底是泛自閉症障礙、腸躁症或獨特的飲食習慣造成的。
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